En principio son mucho mas lesivos que los alineadores porque usan diferentes tipos de fuerzas. Los aparatos fijos usan fuerzas continuas, que se pueden ver unos resultados rápidos, pero engañosos. Las fuerzas continuas dañan mucho al periodonto, aunque sean de poca intensidad, ya que no permiten un buen riego sanguíneo en la zona de compresión del hueso. La continuidad de esa fuerza no deja que se forme el hueso conforme se mueve el diente, y puede que exista retracción de encías, falta de hueso, a pesar de que el ortodoncista haya tomado toda las precauciones posibles. A esto se le une la dificultad de cepillado del paciente, con lo que el problema se agudiza. En muchas ocasiones y sobre todo en adultos la ortodoncia fija es iatrogénica, es decir, es desfavorable al paciente con efectos indeseables.
La gran ventaja de los alineadores es que producen fuerzas intermitentes, ya que con solo quitárselo unos minutos para comer, la zona de compresión donde se produce la fuerza para mover el diente recibe el riego sanguíneo y se puede formar hueso conforme se mueve el diente. Además con los alineadores es muy fácil la limpieza de los dientes, incluso de realizar un curetajes si es necesario.
Los aparatos fijos de ortodoncia son muy difíciles de prever cómo van a funcionar. Es la clásica frase del ortodoncista "conforme vayan moviendo los dientes vamos viendo qué hacemos", que suena a mucha falta de planificación e incertidumbre. Con los alineadores los movimientos son mas previsibles ya que se usan softwares que el ortodoncista puede incorporar la cantidad necesaria para mover un diente dentro de los parámetros adecuados que permite la simulación por elementos finitos y la evidencia científica.